行駛中山高

經由國道1號至頭份交流道，下交流道後左轉新竹方向（台13線）（下交流道即可見指標），→右轉接台一 省道（中華路）→經南海休息站→左轉科東二路→至台灣動物科技研究所→左轉進入科研路→國衛院2號或3號門進入院區，由本院竹南院區2號或3號門警衛換證後通行，將車輛停放於戶外停車格線。

行駛二高

經由國道3號至香山交流道，下交流道後左轉頭份方向（下交流道即可見指標），直行至科學路左轉，直行即可見右手邊拱型大門，右轉科中路到底即為本院二號門。由本院竹南院區二號門警衛換證後通行，本院行政大樓圓環南側及1、2號門沿線備有貴賓訪客停車格。

搭乘客運

搭乘國光客運：台北國道客運站國光客運-至頭份客運總站下車後，轉搭計程車至國衛院2號門進出（計程車車程約10-15分鐘）。

搭乘台鐵火車

於竹南火車站下車後，從往頭份方向之新站出站，轉搭火車站前排班計程車至本院（計程車車程約15分鐘，車資約NT$300元）。

搭乘高鐵台灣高鐵（時刻表與票價查詢）

• 於新竹站（竹北）下車後，轉搭計程車至本院（需視路況而定，車程約40分鐘，車資約NT$700元）。高鐵站出口計程車排班站搭乘計程車入區，費用依公定跳表費率計算。
• 搭乘高鐵到新竹站，於4號出口右方「高鐵客運轉運站第一月台」搭乘新竹科學園區巡迴 巴士橘線，進入園區科技生活館後轉搭新竹科學園區紫線巡迴車至竹南院區至本院。
• 於搭乘高鐵到新竹站，於台鐵六家站轉搭台鐵火車，於新竹火車站換車至竹南火車站後，搭乘計程車至本院。
• 搭乘高鐵到苗栗站，轉搭高鐵快捷公車至國家衛生研究院站下車。

搭乘苗栗客運

於新竹火車站前中正路上搭乘5801（新竹－頭份），於頭份中華路上頂大埔站下車後，右轉科研路（園區天橋），步行20分鐘可至本院竹南院區二號門。

新竹科學園區免費紫色巡迴公車

　　上班日尖峰時段每30分鐘一班車，離峰時段每60分鐘一班車，可於竹南園區科西二路與科研路交叉口（本院三號門路口對面園區滯洪池有站牌）及竹南園區南向聯外道路與科研路交叉口（靠近動物科學研究院處有站牌）。
　　紫線停靠站：新安站(新竹)→全友電腦→全家便利商店→亞歷山大社區→科學路口→群創光電→旭明光電→中強光電→達輝光電→中美矽晶→滯洪池→動科所→標準廠房→竹南園區服務處。（更多資訊請見新竹科學園區網頁）